Im Datenmodell sind die Objekttypen entsprechend Vorgaben der Arbeitshilfe Abwasser für Landes- und Bundesmaßnahmen enthalten. Einen ersten Überblick über die Modellstruktur zeigt der Ebenendialog:
Neben den üblichen Abwasserarten Misch- Regen- und Schmutzwasser bietet Moskito auch Objekttypen für Industrieanlagen. Hier sind u.a. Objekttypen aus den Bereichen Betriebswasser und Betriebswasser-Rückführung zu finden. Die Objekttypen für Zustandsdaten sind im Ordner "Schaden" zu finden. Unter "Sonstige Objekte" sind spezielle Objekttypen, zum Beispiel für die Darstellung von Querschnitten zusammengefasst.
Das Datenmodell wird über die Microsoft Access Datenbank „ModellKanal.mdb“ verwaltet. Diese Datenbank wird beim Start der Applikation automatisch im Hintergrund mitgeladen. Alle Informationen zu den Objekten und den Komponenten, aus denen die jeweiligen Objekttypen bestehen, sind dort in spezifischen Tabellen festgehalten und werden von Moskito ausgelesen.