Sie können Moskito GIS auf viele Arten verlassen, die sich teilweise in der Auswirkung unterscheiden.
Einfaches Beenden
Den schnellsten Weg bietet das 
-Icon. Es beendet Moskito GIS, sie müssen allerdings vorher alle aktiven Funktionen wie Zoom, Linien erfassen o.ä. beenden, und im Protokollfenster muß die letzte Zeile "Befehl eingeben:" lauten. Das Workfile wird auf der Festplatte gespeichert, und beim nächsten Start werden alle Pläne wieder in dem Zustand sein, in dem Sie das Programm verlassen haben.
Der Menüpunkt Datei|Beenden ist mit dem Icon identisch.
Als weiteres können Sie statt der Menüs den zugehörigen Befehl in die Eingabezeile eingeben: EOJ.
Speichern von Fensterpositionen
Wenn Sie Moskito GIS über das Systemmenü, bzw. über den 
-Knopf.verlassen, geschieht fast genau dasselbe. Zusätzlich wird aber die Position der geöffneten Fenster gespeichert. Wenn Sie Moskito GIS nun wieder starten, werden alle Fenster wie z.B. Graphik- und Eingabefenster an derselben Position aufgebaut, an der sie beim Verlassen gewesen sind.
Beenden während laufender Funktionen
Es gibt Situationen, in denen Sie Moskito aus einem Zustand verlassen möchten, der mit den oben beschriebenen Möglichkeiten kollidiert. Wenn Moskito z.B. mitten in einer langwierigen Berechnung ist, können Sie das Programm mit dem Menüpunkt Bearbeiten|Unterbrechen|Verlassen trotzdem beenden. Das Workfile wird geschrieben und damit der letzte abgearbeitete Programmzustand gesichert.