Moskito GIS bietet sehr viele Menüpunkte. In einigen Fällen, etwa speziellen Fachschalen, sind viele dieser Menüpunkte überflüssig und irritierend. Es lassen sich dann Einträge des Menüs verstecken. Dazu wird einfach das Häkchen vor dem Eintrag entfernt. Vorher wird ein Menü aus der Pulldown-Liste ausgewählt. Nicht alle Menüs lassen sich Editieren. Es wird dann eine entsprechende Fehlermeldung ausgegeben. Die Menüeinträge werden sofort aus dem Menü entfernt.
Einträge können auch wieder aktiviert werden. Sie werden dem Menü sofort wieder in das Menü eingetragen. Die Einträge erscheinen nach dem aktivieren am Ende des Menüs. Nach dem nächsten Neustart von Moskito GIS sind die Einträge wieder eingereiht.