In der Lasche Pfade der Optionen Box können Änderungen der von Moskito genutzten Pfade vorgenommen werden. Hinter dem Variabelennamen, unter dem die Pfade moskitointern gespeichert sind, steht die Pfadbezeichnung, ein evt. direkt gesetzter Wert für diese Variable, eine (z.B. in der Startroutine) evt. gesetzte Umgebungsvariable und die von Moskito ansonsten standardmäßig genutzten Pfade. Die Variable %userprofile% steht dabei für das unter dem Betriebssystem eingerichtete Benutzerprofil. Die Variable %moskitoPRJ% bezeichnet die entsprechende Umgebungsvariable und wird standardmäßig auf „..\..\moskito.tables\“ gesetzt.
Soll ein anderer Pfad gesetzt werden, so muß zuerst der entsprechende Variabelenname in der Liste markiert werden, dann der neue Pfad in das Textfeld eingetragen werden und schließlich muss mit "Übernehmen" bestätigt werden. Anstelle der Pfadeingabe per Hand kann auch die Funktion Browse genutzt werden.