Das Programm kann auch über das Installationsverzeichnis gestartet werden. Dies ist normalerweise %appdata%\Moskito GIS\6.40.<version>\
Im Verzeichnis ...\Moskito\main.nt ist die ausführbare Datei Moskito.exe vorhanden, über die sich das Programm starten lässt. Die 64-Bit-Umgebung startet mit Moskito.exe im Verzeichnis ...\6.40.<version>\Moskito\main64
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